Muita ohjeita R:n käyttöä varten

Sisällysluettelo

Kuinka teen avustussivun omalle funktiolle
Kuinka perkaan virheitä R-koodista
Kuinka käytän R:ä latex-ladontaohjelman yhteydessä
Ratkaisu 1: Kirjoita kuvat tiedostoihin ja sisällytä tiedostot latex-dokumenttiin
Ratkaisu 2: Käytä Sweave-järjestelmää

Kuinka teen avustussivun omalle funktiolle

Olet kirjoittanut funktion OmaFunktio, ja tahdot, että komento ?OmaFunktio eli komento help(OmaFunktio) näyttää funktion avustussivun. Tällöin joudut kirjoittamaan paketin. Kuinka tämä tehdään, kerrotaan manuaalissa Writing R Extensions.

Kuinka perkaan virheitä R-koodista

Yksinkertaisin tapa selvittää virheitä on lisätä ohjelman kriittisiin kohtiin tulostusta (esim. funktiolla print tai cat).

Jos ongelma ei selviä tällä konstilla, voit käyttää R:n perkainta (debugger). Sitä saa kutsuttua oman funktion sisällä lisäämällä komennon browser(). Koodin suoritus pysähtyy silloin, kun suoritetaan funktion browser kutsu. Tämän jälkeen on mahdollista tarkastella muuttujien arvoja, sekä suorittaa koodia askel askeleelta. Tällöin seuraavilla komennoilla on erikoismerkitys. Muut komennot suoritetaan R-lausekkeina.

KomentoMerkitys
nSuorita nykyinen komento ja siirry seuraavaan askeleeseen
cJatka suoritusta.
whereNäytä aktiivisten funktiokutsujen pino.
QPoistu browser-funktiosta.

Toinen mahdollisuus on antaa komento debug(OmaFunktio), minkä jälkeen suoritus pysähtyy aina, kun funktiota OmaFunktio kutsutaan, ja päästään antamaan browser-funktion komentoja. Tämän käyttäytymisen saa loppumaan antamalla komennon undebug(OmaFunktio).

Kuinka käytän R:ä latex-ladontaohjelman yhteydessä

Ratkaisu 1: Kirjoita kuvat tiedostoihin ja sisällytä tiedostot latex-dokumenttiin

Usein latex-dokumenttiin tahdotaan sisällyttää kuvia, jotka tahdotaan tuottaa R:n avulla. Tällöin tavallisesti kuvat lasketaan ensin R:ssä, josta ne sitten kirjoitetaan tiedostoon Postscript- tai PDF-muodoissa. Kunkin kuvatiedoston voi sitten sisällyttää latex-dokumenttiin \includegraphics-komennolla. Luennoilla näytettiin, kuinka kuvat saa kirjoitettua tiedostoon (R-koodia). Mahdolliset dokumentissa näytettävät R-koodin palaset voi sijoittaa latexin verbatim-ympäristön sisään.

Ratkaisu 2: Käytä Sweave-järjestelmää

On myös mahdollista yhdistää R ja latex tiiviimmin funktion Sweave avulla. Tästä on hyötyä erityisesti silloin, kun halutaan ajaa toistuvasti samankaltaisia ajoja hieman vaihtuvalla aineistolla. Tällöin toimitaan seuraavasti.

Lisätietoja löytyy dokumentista Sweave User Manual, joka löytyy seuraavaan linkin kautta.


Päivitetty viimeksi 28.02.2007 klo 13:54
Petri Koistinen
petri.koistinen 'at' helsinki.fi