Tutustuminen R:n käyttöön

Tämän sivun sisällysluettelo

R:n käyttöönotto mikroluokassa
Yleisohjeita R:n käyttöä varten
Työhakemisto (eli työkansio)
Komentojen antaminen
Komentohistoria
R:n käyttö editorin kautta
R:n asentaminen omalle tietokoneelle
R:n päivittäminen
Lisäosien eli pakettien asentaminen

R:n käyttöönotto mikroluokassa

Laitoksen mikroluokassa C128 on tällä hetkellä (14.1.2008) käytössä R:n versio 2.6.0, jota pääset käyttämään seuraavalla tavalla.

  1. Tarvitset mikroverkkotunnuksen.
  2. Istu jonkin mikron ääreen ja kirjaudu sisään mikroverkkoon.
  3. Tarkista, onko R asennettu kyseiselle koneelle seuraavasti. Katso, löytyykö käynnistysvalikosta eli start-valikosta (näytön vasen alanurkka) kohta
    start > Programs > R
    jos löytyy, valitse
    start > Programs > R > R 2.6.0
    jonka seurauksena käynnistyy R:n graafinen käyttöliittymä Rgui (R graphical user interface).
  4. Mikäli edellinen kohta ei onnistunut, joudut asentamaan R:n kyseiselle mikrolle käyttöösi. Tämä vie aikaa useita minuutteja. Asennuksen jälkeen ohjelman pitäisi jatkossa aina löytyä käynnistysvalikosta, kun kirjaudut sisään tälle samalle mikrolle samalla käyttäjätunnuksella. Asennus tapahtuu seuraavasti. Valitse ikkunasta Novell-delivered Applications kohta
    HY-PUU > Math and statistics > R v2.x Installation
    Asennus kestää jonkin aikaa. Asennuksen jälkeen käynnistä R siten, kuin edellisessä kohdassa selostettiin. (Osa R:n asennuksesta sattaa tapahtua vasta ohjelman ensimmäisen käynnistyksen yhteydessä.)
  5. Kokeile Rgui:n käyttöä.
    • Kirjoita vaikkapa komento
      hist(rnorm(100))
      
      ts. kirjoita ylläoleva teksti komentoikkunaan (R Console) sekä paina Enter-näppäintä. Esiin pitäisi tulla grafiikkaikkuna, jossa on histogrammi.
    • Kuvan piirron jälkeen grafiikkaikkuna jää aktiiviseksi. Pääset syöttämään lisää komentoja komentoikkunaan vasta sitten, kun ensin teet sen aktiiviseksi esim. napsauttamalla komentoikkunaa.
    • Tutustu Rgui:n valikoihin.
  6. Poistu R:stä eli lopeta istunto. Tämä onnistuu usealla vaihtoehtoisella tavalla. Voit

Yleisohjeita R:n käyttöä varten

Työhakemisto (eli työkansio)

Aina, kun käytät R:ä työskentelyyn (kokeilun ja leikkimisen sijasta), kiinnitä huomiota siihen, missä hakemistossa (eli kansiossa, folder) työskentelet. Kaikkia suurempia projekteja varten kannattaa perustaa oma hakemistonsa siinä käytettäviä aineistoja ja itse tehtyjä R-koodinpätkiä varten.

Mikroluokassa voit laittaa omia tiedostoja R:-levylle. (Tällä levyn nimellä ja R-tilasto-ohjelmiston nimellä ei ole mitään yhteyttä keskenään.) Kannattaa perustaa hakemisto R:-levylle omia R-kokeiluja varten esim.

R:\My Documents\Rkokeiluja
Tämän hakemiston luominen onnistuu, kun ensin avaat tiedostoselaimen (start > Documents > My Documents) ja sitten luot siinä uuden hakemiston (File > New > Folder), jonka nimen sitten vaihdat haluamaksesi.

Työhakemisto kannattaa asettaa jokaisen R-istunnon alussa. Tämä onnistuu joko Rgui:sta käsin tai Rgui:n käynnistämisen yhteydessä. Rgui:sta käsin työhakemisto asetetaan valitsemalla

File > Change dir ...
ja kirjoittamalla esiin tulevaan ikkunaan halutun hakemiston nimi (esim. R:\My Documents\Rkokeiluja). Vaihtoehtoisesti saman asian voi tehdä napsauttamalla näytölle ilmestyneen ikkunan Browse-nappulaa, ja tekemällä valinnan esiin ilmestyvästä valikosta.

Seuraavaksi selostetaan tapa, jolla voit mikroluokassa luoda kuvakkeen, jota napsauttamalla Rgui käynnistyy halutussa työhakemistossa.

Tällöin työhakemistoon ilmestyy tiedosto .Rdata, josta keskeytetyn istunnon tilan (eli työtilassa olleiden muuttujien arvot) voi palauttaa. R:n käynnistäminen ja istunnon tilan palauttaminen onnistuu napsauttamalla tämän .Rdata-tiedoston kuvaketta (esim. Windowsin tiedostoselaimessa). Jos Rgui on käynnistetty käyttämällä jotakin toissta työhakemistoa kuin missä haluttu istunnon tila on tallennettu, niin kyseisen tilan saa palautettua vaihtamalla ensin työhakemiston oikeaksi (File > Change dir ...) ja sitten lataamalla työtilan (File > Load Workspace).

Mikäli olet asentanut R:n omassa hallinnassasi olevaan Windows-koneeseen, voit myös menetellä siten, että luot jokaista projektia varten oman pikakuvakkeen (shortcut), jonka start in -ominaisuudelle (eli työkansio-ominaisuudelle) annat arvoksi halutun hakemiston nimen. (Näpsäytä pikakuvaketta hiiren oikeanpuoleisella näppäimellä, niin pääset muuttelemaan pikakuvakkeen ominaisuuksia.) Tämän jälkeen Rgui käynnistyy pikakuvaketta näpsäyttämällä sille määritellyssä työhakemistossa.

Komentojen antaminen

R on komentopohjainen ohjelma. Komentoja voidaan antaa kirjoittamalla niitä komentoikkunaan R:n kehotteen jälkeen (kehote on tavallisesti >). Komentoja voidaan myös kirjoittaa editorin avulla tiedostoon, josta niitä voidaan siirtää pala palalta R:n suoritettavaksi. (On myös mahdollista suorittaa tiedoston kaikki komennot kerralla.) Jos komento on lauseke, jonka arvoa ei sijoiteta muuttujan arvoksi, niin R tulostaa (eli kaiuttaa) lausekkeen arvon. Sijoituslauseen kohdalla R ei tulosta mitään. Esimerkki:

> 1+1
[1] 2
> a = 3
> a
[1] 3
Tässä käyttäjä on tosiasiassa kirjoittanut tekstin
1+1
a = 3
a
3
ja loppu koostui R:n kehotteista sekä R:n laskemista tuloksista. Numero 1 hakasulkujen sisällä tuloksissa tarkoittaa sitä, että tulokseksi tuli vektori, jonka ainoan alkion arvo sitten tulostetiin. Tämän tulostustavan edut tulevat näkyviin, kun tulokseksi tulee vektori, joka tulostuu useammalle riville, mistä seuraavaksi esimerkki.
> 1:30
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
[26] 26 27 28 29 30

Tavallisesti rivinvaihto (enter-näppäin) lopettaa lausekken, minkä jälkeen R laskee lausekkeen arvon eli evaluoi sen. Jos lauseke jää epätäydelliseksi, R:n kehote muuttuu +-merkiksi ja R jää odottamaan täydennystä:

> 1+
+ 1
[1] 2
Tästä komennon täydentämistilasta pääsee Rgui:ssa pois painamalla Esc-näppäintä.

Komentohistoria

Rgui:ssa voit selata aikaisemmin antamiasi komentoja nuolinäppäimillä, ks.

Help > Console

R:n käyttö editorin kautta

Suositeltu tapa käyttää R:ä on kirjoittaa komennot jollakin tekstinmuokkausohjelmalla (eli editorilla), josta sitten tarvittavat komennot siirretään komentoikkunaan. Tällä tavalla virheiden korjaaminen pitkistä komentosarjoista onnistuu helposti.

Tähän tarkoitukseen voit käyttää R:n omaa editoria (R Editor), joka käynnistyy Rgui:ssa valinnalla

File > New script
tai
File > Open script...
sen mukaan haluatko luoda uuden tiedoston vai muokata (tai ajaa) jo olemassaolevaa tiedostoa. Kun R-editorissa valitset osan tekstiä hiirellä, voit sen jälkeen ajaa sen kirjoittamalla Ctrl+R, jolloin teksti kopioituu komentoikkunaan, ja R suorittaa kyseisen komennon.

Vaihtoehtoisesti voit muokata komentoja Windowsin Notepad-editorilla tai jollakin muulla suosikkiohjelmallasi, jolla voi muokata formatoimatonta tekstiä. (Wordillä ei kannata muokata R-koodia.) Kirjoitettuasi komentoja, voit suorittaa ne siirtämällä ne ensin Rgui:n komentoikkunaan Windowsin Copy-Paste -tekniikalla.

R:n asentaminen omalle tietokoneelle

R:n jakelupakettien kotisivu on nimeltään CRAN (The Comprehensive R Archive Network). Sen kautta löytyy asennuspaketteja Windowsille, Linuxille sekä MacOS X:lle. Jos näistä mikään ei kelpaa, niin sivulta löytyy myös R:n lähdekoodi. Asennusohjeita löytyy dokumentista R FAQ; valitse CRAN-sivun linkki FAQs ja sen jälkeen linkki R FAQ.

Mikäli koneesi käyttöjärjestelmä on Windows, asennus sujuu seuraavasti. Huomaa, että seuraavassa selostuksessa esiintyvät tiedostojen nimet (ja kukaties muutkin yksityiskohdat) tulevat muuttumaan, kun R:stä ilmestyy seuraava versio. Tällä hetkellä (14.1.2008) R:n versionumero on 2.6.1.

R:n päivittäminen

R-ohejlmaa päivitetään aika-ajoin. Jos koneesi käyttöjärjestelmä on Windows, niin R-ohjelman päivittäminen selostetaan dokumentissa R for Windows FAQ (nykysessä versiossa kysymys 2.8 What's the best way to upgrade). Tämä dokumentti löytyy valitsemalla CRAN-sivun linkki FAQs ja sen jälkeen linkki R Windows FAQ.

Lisäosien eli pakettien asentaminen

R:än löytyy lukuisia lisäosia eli paketteja. Niiden selostuksia löytyy menemällä CRAN sivulle ja valitsemalla sieltä linkki Packages.

Omaan tietokoneeseen asennettuun (ajan tasalla olevaan) R:n versioon on helppo asentaa paketteja. Windowsissa tämä sujuu valitsemalla valikoista

Packages > Install package(s)...
Tämän jälkeen valitaan valikosta, miltä palvelimelta (CRAN mirror) paketteja haetaan, ja lopuksi haluttu paketti sen nimen mukaan. Kirjaston saa R-sessiossa käyttöön antamalla komennon library(nimi), jossa nimi on kirjaston nimi.

Mikroluokassa paketin pystyy asentamaan vain omaan käyttöönsä. Paketin asentaminen ei ole aivan yhtä helppoa kuin kotikoneessa, mutta sen pitäisi onnistua seuraavalla tavalla. Käytän esimerkkinä pakettia ISwR.

  1. Perusta R:n paketteja varten hakemisto, esim. R:\My Documents\myRlib.
  2. Anna R:n sisällä komento
    install.packages('ISwR', lib = 'R:/My Documents/myRlib')
    
    Seuraavaksi valitaan aukeavasta menusta se palvelin, josta paketti haetaan, ja lopuksi odotetaan, kunnes asennus on valmis. Mikroluokassa tulee lopuksi virheilmoituksia, joista ei tarvitse välittää. Tämän jälkeen sinulla pitäisi olla hakemistossa R:\My Documents\myRlib alihakemisto ISwR, jossa on paljon tiedostoja.
  3. R-sessiossa saat kirjaston ISwR käyttöön komennolla
    library(ISwR, lib.loc = 'R:/My Documents/myRlib')
    

Huomaa, että hakemistopolun nimessä pitää edellä R-komennoissa olla vinoviiva eikä kenoviiva.


Päivitetty viimeksi 15.01.2008 klo 13:14
Petri Koistinen
petri.koistinen 'at' helsinki.fi